Colbert le fondateur de la première Compagnie des Indes, avait, dès 1680, fait réunir une première collection de papiers de marine. Ces papiers représentaient en 1699 une masse suffisamment importante pour qu'on les installât dans une annexe du jardin des Petits-Pères, place des Victoires à...
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Colbert le fondateur de la première Compagnie des Indes, avait, dès 1680, fait réunir une première collection de papiers de marine. Ces papiers représentaient en 1699 une masse suffisamment importante pour qu'on les installât dans une annexe du jardin des Petits-Pères, place des Victoires à Paris. Vers 1720, un premier tri est fait entre les documents à caractère administratif, qui rejoignent le bureau des colonies créé en 1710 à l'intérieur du ministère de la Marine (embryon des archives de la Marine), et les cartes, plans, relevés nautiques et hydrographiques, mémoires des officiers commandant les vaisseaux du roi, journaux de voyage, etc., qui demeurent au Dépôt des cartes et plans de la Marine. Parmi ces documents figuraient quelques cartes plus spécialement consacrées aux premiers établissements français outre-mer.
En 1776, deux décisions royales préparent la création du DFC : le 7 juin, le roi, constatant que ne sont parvenus en France que des "lambeaux" du travail des ingénieurs géographes, enjoint par lettre circulaire aux gouverneurs généraux, gouverneurs, intendants et commandants pour le roi aux colonies de "faire rassembler tous les plans et de [lui] faire passer les collections complètes", par l'envoi des doubles ou des originaux. L'édit du 31 juillet 1776 crée le Dépôt des papiers publics des Colonies (DPPC), dont une lettre circulaire du même jour explique le rôle : "Les precautions qui ont été prises, Messieurs, jusques à present aux Colonies, n'ont pu garantir les papiers publics de l'effet destructeur du climat [...] Le Roy [...] a reconnu [...] que les meilleures precautions prises sur les lieux seroient impuissantes contre l'effet du climat, les incendies, les tremblements de terre et les transports précipités en temps de guerre."
En 1778 est donc créé à Versailles le Dépôt des cartes et plans des Colonies (renommé, en 1782, Dépôt des cartes et plans des Colonies orientales et occidentales), composé de 208 cartes coloniales extraites du Dépôt de la Marine ainsi que des documents envoyés depuis les colonies. Il était en effet prévu que fût envoyée chaque année copie des documents produits aux colonies, et que chaque ingénieur en chef eût à sa disposition deux dessinateurs pour copier les "plans des environs de toutes les villes, bourgs, batteries, forts, batiments du roy et ouvrages publics", envoyés à Versailles avec un "mémoire détaillé sur l'utilité de chaque espèce d'ouvrage".
La création de ce Dépôt vise donc à répondre à un double enjeu, de conservation matérielle d’une part, et de gouvernement d’autre part. En effet, ce regroupement utilitaire d’information géographique et statistique devient progressivement un véritable outil d’aide à la décision au service de l’administration royale.
En 1796, le Dépôt des Cartes et plans des Colonies est réuni avec le Dépôt de la Marine, dont il devient l’année suivante une section spéciale, dite section coloniale.
Par arrêté du 15 nivôse an VIII (5 janvier 1800), il est confié à l’inspecteur général du génie détaché au ministère de la Marine. Il prend également son nom actuel de Dépôt des fortifications des colonies, soulignant son infléchissement vers une vocation essentiellement militaire.
Supprimé par décret du 29 juin 1880, le Dépôt a pour successeur le Service des constructions militaires et des fortifications aux colonies, placé sous l’autorité de l’Inspection de l’artillerie de Marine, service de l’armée, qui se voit confier le fonds pour le bon exercice de ses missions.
À la veille de la Première Guerre mondiale, le fonds, ayant perdu son intérêt stratégique, est finalement remis au service d’archives du ministère des Colonies, en plusieurs versements de 1899 à 1914. Il cesse alors d’être alimenté, même si quelques pièces ont pu ponctuellement être ajoutées par les archivistes jusqu’aux années 1970.
